În anii sovietici având o activitate preponderent de ideologizare a publicului, după 1990, muzeul și-a reorganizat radical activitatea, desfîșurând numeroase și importante cercetări arheologice, documentare istorică de arhivă, organizare activități expoziționale, simpozioane, acțiuni de promovare a patrimoniului istoric local și regional. Instituția organizează constant expoziții, participă la târguri și saloane naționale, publică lucrări dedicate istoriei orașului și regiunii Ungheni. Toate aceste activități au ca scop păstrarea și valorificarea patrimoniului Văii Prutului Mijlociu, în special al municipiului Ungheni.

Muzeul deține peste 10.000 de piese de patrimoniu și are gradul al II-lea în ierarhia clasificării muzeelor din Republica Moldova.

Din anul 2000, Muzeul Ungheni a inițiat și susținut activ organizarea Taberei de Sculptură Ungheni. Până în 2025 au avut loc opt ediții ale acesteia, iar orașul s-a îmbogățit cu 90 de lucrări de artă sculpturală modernă, dobândindu-și, pe bună dreptate, renumele de „Oraș al sculpturilor”.

Eforturile depuse de-a lungul timpului au fost recunoscute public. În 2024, Fundația Heritage 21 i-a acordat „Premiul Național al Patrimoniului Cultural, ediția 2024”, iar în 2026, Ministerul Culturii al Republicii Moldova i-a oferit „Premiul Anului 2025 pentru Sculptură”.

Muzeul își continuă activitatea cu aceeași misiune și angajamaent: să cerceteze, să păstreze și să promoveze istoria și cultura Ungheniului, pentru generațiile de azi și de mâine.